Il sistema di Certificazioni ISO di Intecs, più di un semplice sigillo di approvazione, rappresenta l’impegno incessante verso l’eccellenza e l’innovazione.
Intecs è stata infatti una delle prime aziende software in Italia ad ottenere la certificazione ISO-9001 (ente certificatore DNV, Det Norske Veritas) per la realizzazione di sistemi integrati hardware e software basati su tecnologie avanzate ad alto contenuto di R&D nei settori: Difesa, Aerospazio, Controllo Traffico Aereo e Navale, Ferroviario, Automotive e Sistemi Intelligenti. Il Sistema Qualità di Intecs è stato reso conforme alla norma EN 9100 (norma sui requisiti supplementari per l’industria Aerospazio e Difesa) certificazione raggiunta nel 2011 ed allo standard NATO AQAP-2110 e AQAP-160 (per prodotti per la Difesa dei paesi NATO) certificazione raggiunta nel 2017.
Intecs ha messo a punto procedure distinte e specializzate per la conformità ai diversi standard di settore:

Nel 2005 Intecs, è stata qualificata da SCIROTÜV e TÜV Rheinland, per la conduzione di assessment software rispetto alla norma CENELEC EN 50128.  Sempre da TUV ha avuto la certificazione Safety Functional Engineers secondo la norma EN 61508. 

Dal 2002, Intecs ha partecipato ad iniziative di Process Improvement in accordo al modello CMM® (poi divenuto CMMI®) in collaborazione con il Cliente Alenia Marconi Systems (poi Selex SI e adesso Leonardo Difesa), raggiungendo nel 2005 il livello 3 di Maturità per la divisione Difesa e ATC/VTS (Air Traffic Control/Vessel Traffic System). L’ Improvement è proseguito internamente ad Intecs  secondo il modello CMMI® raggiungendo nel 2009 il livello 3 di Maturità per le divisioni Defence e ATC/VTS e nel 2010 lo stesso livello di Maturità anche per la divisione Railway. 

Nel 2006 Intecs è stata qualificata da Volkswagen per la conduzione di iniziative di Process Improvement a favore dei suoi fornitori software raggiungendo così livelli di capability, secondo Automotive SPICE® (ISO 15504). Nello stesso anno, Intecs ha superato un assesment per il livello 2 (tra le prime in Italia) di Automotive SPICE® (ISO 15504), esteso al livello 3 nel 2015. 

Oltre alla già citata ISO 9001 (adesso 9001:2015) a marzo 2024 è stato completato il percorso di Certificazione Ambientale in conformità alla norma ISO14001:2015 per la sede di Roma. L’obbiettivo per il 2025 è quello di estenderla anche alle sedi di Napoli e Pisa. 
Intecs  ha ottenuto la Certificazione ISO 27001:2022 (Sicurezza delle informazioni e Protezione dei dati). Un iter che ha implicato l’aggiornamento delle procedure in uso, template e modelli, la creazione di nuove procedure, nonché la divulgazione in tutta l’azienda di comportamenti adeguati al trattamento delle informazioni, obiettivo della norma ISO 27001.
Intecs partecipa al consorzio STARS per il Sistema di Rilevamento Ostacoli (SIRIO), sistema di sicurezza radar-based per il mondo ferroviario, che presidia ormai più di cento passaggi a livello presenti sul territorio nazionale. Intecs ha contribuito a sviluppare ed ora ha la responsabilità del sistema integrato di Qualità, Ambiente e Sicurezza delle Informazioni del Consorzio, rispetto alle normative sopracitate.